Der Amsterdamer Vertrag ist am 1. Mai in Kraft getreten. Damit erfolgte auch eine Veränderung der bisherigen organisatorischen Strukturen der innen- und justizpolitischen Kooperation der EU. Fragen der Asyl- und Migrationspolitik, der Außen- und Binnengrenzen, der Visumspolitik sowie der Zusammenarbeit im Zivilrecht gehören nun zur Ersten Säule. Polizei-, Zoll- und strafrechtliche Kooperation verbleiben in der Dritten. Die Schengen-Kooperation wurde unter die gemeinschaftliche Erste und die intergouvernementale Dritte aufgeteilt, wobei das Schengener Informationssystem (SIS) als ganzes der letzteren zugeordnet wurde. Unter dem (Minister-) Rat wird es daher formell zwei Ausschüsse Ständiger Vertreter (COREPER) geben.
In der Dritten Säule ersetzt der „Artikel 36-Ausschuß“ den bisherigen K4-Ausschuß. Ihm sind diverse Arbeitsgruppen unterstellt: die AG Informationssysteme und Datenschutz, die SIS-Arbeitsgruppe, die AG Polizeikooperation (Untergruppen Telekommunikation und Polizeitechnologie), die Europol-Arbeitsgruppe, die AGs Drogenhandel, Terrorismus, Zollkooperation sowie Strafrechtliche Zusammenarbeit I (Führerscheine), II (Rechtshilfe) und III (Materielles Strafrecht).
In den neuen Bereichen der Ersten Säule hat die Kommission nun ein volles Initiativrecht. Die Spitze der neuen Verwaltungsstruktur bilden hier ein Ausschuß für Zivilrechtsfragen und ein Strategischer Ausschuß „Einwanderung, Grenzen und Asyl“. Unter letzterem finden sich folgende Arbeitsgruppen: Migration I (Aufnahme), II (Entfernung), Asyl (Untergruppen Eurodac und Dubliner Übereinkommen), Visa, Außengrenzen (Untergruppe: gefälschte Dokumente) sowie die „Frühwarnsysteme“ für Asyl (CIREA) und Einwanderung (CIREFI).
Zusätzlich wird es weiterhin „hochrangige“ und „horizontale“ Arbeitsgruppen geben: Multidisziplinäre Gruppe Organisierte Kriminalität, Kollektive Evaluation (für die Begutachtung der Beitrittsländer), Schengen-Ausschuß, Horizontale Drogen-Gruppe, Hochrangige Gruppe Einwanderung und Asyl, Gemischte Arbeitsgruppe (mit den zu Schengen assoziierten Nicht-EU-Staaten Norwegen und Island) sowie die Horizontalen Gruppen Datenverarbeitung, Information und Außenbeziehungen.